最大の懸念が現実になったのではないかと心配したザビエルは、ローガンに何をしたのか尋ねた。ローガンはジーンがスコットを殺したと信じていると答えたが、ザビエルはそれはとても辛いことだと言った。動揺したザビエルは、ジーンにテレパシーで話しかけてみたとローガンに伝えた。そして、ジーンが新しい屋敷を出て、彼らの計画を断ち切ろうとしていることを知った。ジーンは元の姿に戻り、ローガンに自分がどこにいるのか尋ねた。
X-メン：ザ・パスト・ステイ（
ウルヴァリンはウェイドに向かい、ストライカーが望むであろう賭けを賭けた。マグニートーは、この場所に入る者はその場所の操作方法を理解しなければならないと言い、ミスティークを見つめた。彼は、マスターXが話している新たな軍事物質を見つけた。
X-メール（映画シリーズ）
ローガンは爪を鞘に収め、スパイクから逃れた後、 カジノ genies gems ブラザーフッドのキャンプへと向かった。ダムが崩壊し、構造物全体が揺れ動く中、ジーンは唯一忘れられた存在、ローガンを探そうと実験した。ローガンは家族を救うため、新たな場所を駆け抜けようとした。サイクロップスとティーチャーXを救出した後、ミュータントたちは皆、そこが唯一の脱出路だと信じ、場所から放水路へと逃げ込んだ。彼らは新しい扉にたどり着いたが、トンネルからローガンが現れ、ヒューズコンテナに爪を突き刺し、扉がダムに引っかかる前に閉じてしまった。
ローガンが自分の犬の痕跡をちらりと見ていた時、ジーンが突然現れ、ローガンにキスをした。二人のキスからほんの数秒後、ローガンの顔は疑わしげな表情になった。ミスティークを刺した際につけた新しい傷跡を感じていたのだ。「ジーン」はなんとかミスティークに戻り、「いや、お前ほど素晴らしい痕跡を残した人間はいない」と彼に尋ねると、ローガンは皮肉っぽく「どうだ？心からの謝罪か？」と答えた。ミスティークはさらに数分間、ジーン、ローグ、そしてついにオロロへと歩みを進めた。新しい屋敷に戻ると、ローガンは目を覚ますと、ジーンが自分の前にいた。
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男は辺りを見回し、小さな浴槽と液体のアダマンチウムの池を発見した。その横には針があり、彼は自分の骨がアダマンチウムで覆われる手術の記憶をフラッシュバックさせた。男は新しい浴槽を試し、裸でそこから飛び出し、初めて自分の爪を見る瞬間を思い出す。ストライカーとガールズ・デスストライク／ユリコが部屋に入ってくると、ストライカーは新しいアダマンチウムを冷やして水に保管する方法を説明し始めた。冷めると耐久性が増すからだ。ストライカーは去っていき、ウルヴァリンに、自分も試してみたかったが、それは間違いだったと告げる。ウルヴァリンが意識を失っている間、ジョンはボビーの家族を焼き払い、ローグは彼を避けるのに必死になる。
タイムライン
ポーチで、ローガンはジーンに、兵士たちが消えたため研究所には誰も残っていないと告げる。激しい嵐が子供たちのことを尋ね、ローガンはそのうちの一人は逃げ出したが、他の者については分からないと答えた。ジーンは、教授にもスコットにも会えなかったと告げる。彼はボビー・ドレイクの家族とボストンにいて、彼女たちはそこへ向かっていると告げる。逃走中、パイロは何が起こったのかと予想し、ローガンは自分の名前の一人がストライカーだと答えるが、彼は自分が誰なのか分からなかった。パイロは新しいCDプロではなく、優れたコミュニケーターだった。
ウィリアム・ストライカー大佐は、マグニートーを洗脳し、ザビエル大佐のミュータント捜索サーバー「セレブロ」に収監する。ストライカーは新設のX-レジデンスを襲撃し、ザビエルを洗脳して地球上のすべてのミュータントを見つけ出し、マグニートーを抹殺するよう仕向ける。新生X-メンはブラザーフッドと協力し、ストライカーによる世界規模の虐殺を阻止しなければならない。興行収入は、前作7,500万ドルに対し、2億9,600万ドルという驚異的な成功を収め、新コミックのファンからも高い評価を得ている。その後、続編は3作目へと展開し、興行収入は4億6,000万ドルを超え、2006年の興行収入上位作品の一つとなった。
激怒したローガンは再びログアウトしようと考えたが、スコットは明確な答えを見つけた。機械がマグニートーから力を引き出し、彼を殺しかけたのだ。彼はマグニートーがローグに力を吸収させ、彼女をその場所で訓練させ、生き延びさせようとしていると推測した。ちょうどその時、激しい嵐がザビエルの脳裏に現れ、スコットとローガンの激しい対立を終わらせようとしていた。彼は彼に、ケリー上院議員が殺されたと告げた。ザビエルはローグを見つけ、この対立に報復するために仲間を雇ったと告げた。独立したスピンオフである『ニュー・ミュータンツ』は、現在を舞台としており、映画の公開時期によっては2017年から2019年の間に行われる可能性がある。
